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Anwendungen - [biology] NCBI's BLAST2-tool

phen - 01.06.2006, 16:54 Uhr
Titel: [biology] NCBI's BLAST2-tool

mit entsetzter freude mußte ich grad feststellen, daß die debian-archive neben dem schön grafischen primer-design-tool "perlprimer" auch das alignment-search-tool BLAST2 am start ham! wie geil ist das denn bitteschön?!? Sehr glücklich

allerdings:
kennt jemand ein paket, das zu BLAST2 ne gui ausspuckt?

joer04 - 01.06.2006, 17:17 Uhr
Titel: Re: [biology] NCBI's BLAST2-tool

phen hat folgendes geschrieben::

allerdings:
kennt jemand ein paket, das zu BLAST2 ne gui ausspuckt?

Ich glaube dazu gibt es noch keins. Ich habe selber lange danach gesucht. Aber es geht wohl auch gut im textmodus. Es gibt noch weitere alignment-tools siehe emboss.

kennst du das hier?

http://debian.bioinformatics.unsw.edu.au/

http://dirk.eddelbuettel.com/quantian/

Falls du was für windows findest kannst du es ja auch mal mit Wine versuchen. Zum Beispiel http://gentle.magnusmanske.de/ funktioniert etwas damit, anderes sicherlich auch.

phen - 02.06.2006, 00:06 Uhr
Titel: Re: [biology] NCBI

danke joer04!

gentle ließ sich zwar problemlos installiern, startete auch sauber durch ... aber nach eingabe von zb IGF1 und der darauf folgenden wahl des gewünschten faktors im "externen web-interfaces" (NCBI) kam zwar einen moment lang die sequenz, dann aber stürzt das programm reproduzierbar ab - schade, daß die linux-version wohl veraltet is (libtiff.so.3). dabei sieht dieses tool ziemlich vielversprechend aus Traurig

emboss hab ich per google zwar als "grafisch" beschrieben gefunden, aber irgendwie komm ich damit nich so richtig klar ... grafisches hab ich da noch nix gesehn.

ob nun bioconductor (was ich auf der quantian seite gesehen hab) mit seinen microarray-analyse-tools u.a. nich doch etwa zu weit für meine zwecke geht, werd ich ein ander mal noch prüfen.

danke nochmal:)

EDIT:
perfekt! mußte libtiff mit vorhandener libtiff4, und libmysqlclient mit installierter version symlinken und nun läuft GENtle - mein test mit IGF1 lief schneller und das ergebnis bringt mir sogar noch ne grafische darstellungen des gens samt restriktionsschnittstellen etc pp ... JUHUUU!!! Cool

jetz kann ich beruhigt schlafen gehn ...

joer04 - 02.06.2006, 01:47 Uhr
Titel: Re: [biology] NCBI

phen hat folgendes geschrieben::

...
emboss hab ich per google zwar als "grafisch" beschrieben gefunden, aber irgendwie komm ich damit nich so richtig klar ... grafisches hab ich da noch nix gesehn.

EMBOSS ist als eine Suite von Programmen zu verstehen. Eigentlich könnte man es eher als Kontainer verstehen. Einzelne Programme findest du, wenn du sie in deinem Paketmanager nachschlägst unter EMBOSS bzw. in der Recht guten Dokumentation. Im Netz gibt es auch recht viel dafür. Du solltest halt nicht soetwas graphisch ausgefallenes erwarten.
Eine GUI für EMBOSS war/ist EMBOS-kaptain oder kaptain gewisssermaßen. Also apt-get kaptain und dann manual lesen.
Beispiel:
$kaptain /usr/share/kaptain/whois.kaptn
sollte dir eine GUI für whois liefern. Aber das ist eben nicht alles perfekt wie du dir denken kannst.
Das sollte aber erstaml reichen:
http://bioinfo.hku.hk/EMBOSS/

phen hat folgendes geschrieben::

...
ob nun bioconductor (was ich auf der quantian seite gesehen hab) mit seinen microarray-analyse-tools u.a. nich doch etwa zu weit für meine zwecke geht, werd ich ein ander mal noch prüfen.

bioconductor ist wirklich sehr speziell und falls du nichts mit Microarray zu tun hast ist es auch uninteressant für dich.
Falls du einfach nur mit der R-language arbeiten willst (Grundlage von BioConductor) aber auch eigentlich gedacht für Statistik, dann kann ich dir RKWard empfehlen.
http://rkward.sourceforge.net/
Als deb:
http://prdownloads.sourceforge.net/rkwa ... b?download

phen hat folgendes geschrieben::

...
EDIT:
perfekt! mußte libtiff mit vorhandener libtiff4, und libmysqlclient mit installierter version symlinken und nun läuft GENtle - mein test mit IGF1 lief schneller und das ergebnis bringt mir sogar noch ne grafische darstellungen des gens samt restriktionsschnittstellen etc pp ... JUHUUU!!! Cool

jetz kann ich beruhigt schlafen gehn ...

Schön das es für dich von Nutzen ist. Falls du noch was brauchst sage einfach Bescheid.

Du könntest auch noch nach java basierten Lösungen suchen. Falls du was findest würde ich mich über eine Rückmeldung freuen.

Dann noch das hier:
http://www.reactome.org/

phen - 02.06.2006, 08:37 Uhr
Titel: Re: [biology] NCBI

guten morgn!
nur mal nen schnellen kommentar: da GENtle in seiner handhabung doch etwas eigen ist werd ich mich erst mal damit beschäftigen und mich da etwas einarbeiten - momentan läßt das glaub ich keine wünsche offen Smilie

super ist der tip reactome.com!! hab schon stundenlang nach genau sowas gesucht!
is jetz vielleicht etwas off-topic, aber:
joer04, du weißt nicht zufällig, wo ich (gern auch im netz zum ausdrucken) ne komplette karte über die gesamten metabolismen h.sapiens finden kann (diese riesigen komplexen maps) ?
falls das bei reactome bei sein sollte, sorry, hab grad ebn nur kurz drin gestöbert ...

so, erneut ein dickes dankeschön und nen schönen tag:)

joer04 - 02.06.2006, 13:54 Uhr
Titel: Re: [biology] NCBI

phen hat folgendes geschrieben::

... wo ich (gern auch im netz zum ausdrucken) ne komplette karte über die gesamten metabolismen h.sapiens finden kann (diese riesigen komplexen maps) ? ...

Mich sollte wundern falls du was komplettes findest. Da wirst du mit einem Buch (Cell ...) weiter kommen denke ich. Es erscheint mir etwas zu komplex als das es für Menschen lesbar dargestellt werden könnte.

Einzelne karten findest du zu hauf:
http://www.genome.ad.jp/kegg-bin/show_o ... mp;org=hsa
http://obesitygene.pbrc.edu/cgi-bin/ace/mainMenu.cgi
http://www.genome.ad.jp/ (Schau nach kegg)
http://www.tigr.org/
Über das berühmt beliebte http://www.genome.gov/ kann man evtl. auch etwas finden. Und so weiter und sofort. Das dürfte bei weitem nicht alles sein. bionformatics.org könnte auch weiter helfen.

Was mir noch einfällt. Mit kommander (http://kommander.kdewebdev.org/) könntest du dir evtl. auch ne GUI für alles mögliche basteln.

Caluna - 02.06.2006, 15:17 Uhr
Titel: RE: Re: [biology] NCBI

Hola,
Man kann übrigens für akademische Zwecke auch Vector NTI für umsonst benutzen. Nach einer Registrierung erhält man eine Lizenz für 3 Rechner. Das Läuft unter Wine eigentlcih auch ganz gut...
Viele Grüße
C.